江戸時代の初期、温泉は療養等とは全く違った使われ方をしていました。豊臣秀吉によって始められたキリシタンの弾圧は、徳川家康にも引き継がれていきました。キリシタン達は、厳しい弾圧を受けて転宗をせまられ、転宗を拒むものは次々と拷問を受けたり、処刑されたりしました。拷問の方法は様々なものがありましたが、地獄責めと称されて、温泉も拷問の一手段として使われていました。長崎におけるキリシタンへの弾圧はことさら激しく、残虐さも増しました。島原の城主は約5年間にわたり、宗徒達を次々と地獄に投げ入れたり、地獄の熱湯を何度も浴びせかけるなどして、たくさんの人達を息絶えさせました。 このような残虐な弾圧に耐えかね、ついに寛永14年の秋、かの有名な島原の乱が起きました。 その後、この島原の城主は幕府より責任を問われ、江戸において切腹となりました。温泉の歴史にも暗い一面があったのです。